Junior School Pelita Harapan School Sentul City mengadopsi IB Primary Years Programme (PYP) yang dipadukan dengan penguatan nilai-nilai moral Alkitab. Keunggulan jenjang ini mencakup pembelajaran berbasis inkuiri, pemikiran kritis, serta pengembangan literasi dan numerasi yang kuat. Lingkungan belajar yang suportif mendorong siswa untuk menjadi pembelajar mandiri dan peduli pada sesama. Visi utamanya adalah membentuk lulusan yang berpengetahuan luas, berkarakter mulia, dan berwawasan global.