Middle School SPH Lippo Village membimbing siswa remaja melalui kerangka IB Middle Years Programme (MYP) berbasis konsep dan analisis kritis. Keunggulannya tecermin dari penekanan pada kepemimpinan siswa, keterampilan riset, pemecahan masalah, serta program pengabdian masyarakat (service learning). Pembelajaran dirancang untuk membantu siswa memahami potensi unik serta identitas diri mereka di dalam Tuhan. Misi jenjang ini adalah mencetak remaja yang mandiri, berprinsip, dan siap menghadapi tantangan akademis tingkat lanjut.