Junior School SPH Lippo Village mengadopsi IB Primary Years Programme (PYP) yang dipadukan dengan penguatan nilai-nilai Alkitab. Keunggulan jenjang ini mencakup pembelajaran lintas disiplin (transdisciplinary learning), pengolahan pemikiran kritis, serta pengembangan literasi dan matematika yang kuat. Siswa diajak untuk aktif bertanya, berkolaborasi, dan memahami peran mereka dalam komunitas global. Visi utamanya adalah membentuk pembelajar sepanjang hayat yang peduli, berpengetahuan luas, dan berkarakter Kristiani.